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微生物在繁殖和耗氧發酵過程中都需要氧氣，通常以空氣作為氧源。空氣中含有各式各樣的微生物，這些微生物隨著空氣進入培養液，在適宜的條件下，它們會大量繁殖，消耗大量的營養物質，以及產生各種代謝產物，干擾甚至破壞預定發酵的正常進行，使發酵產品的效價降低，產量下降，甚至造成發酵徹底失敗等嚴重事故。因此，空氣的除菌就成為耗氧發酵工程上的一個重要環節。除菌的方法很多，如過濾除菌、熱殺菌、靜電除菌，輻射殺菌等，但各種方法的除菌效果、設備條件、經濟條件各不相同。所需的除菌程度根據發酵工藝要求而定，既要達到除菌效果，又要盡量簡化除菌流程，以減少設備投資和正常運轉的動力消耗。

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